I 1999 deltog gruppen i velgørenhedssangen Selv en dråbe til fordel for Kosovo, sammen med mange danske kunstnere.
Efter Aqua havde turnéret verden tynd, udgav de i 2000 deres andet album Aquarius, der dog ikke opnåede samme succes som debutalbummet. Men den fostrede hits som: Cartoon Heroes, Around the World og We Belong to the Sea.
Bandet blev opløst i 2001, men både René Dif, Lene Nystrøm og Søren Rasted fortsatte med solokarrierer. Størst succes fik Søren med projektet Lazyboy. Søren Rasted har også succes med gruppen Hej Matematik, som består af ham selv og hans nevø Nicolaj Rasted. De udgav i 2007 singlerne Gymnastik og Centerpubben og i 2008 bl.a. Walkmand. [Kilde mangler]
26. oktober 2007 annoncerede gruppen ved et pressemøde at de agtede at samles igen i 2008 for at udgive et opsamlingsalbum (angiveligt med visse af de numre, som skulle have været med på den aldrig udgivne tredje CD, som var på tegnebrættet, da gruppen blev opløst). Ydermere ønskede gruppen at afholde nogle koncerter i 2008 i Danmark. Af officelle koncerter de giver i 2008 er det ind til videre kun Grøn Koncert
Om årsagen til at gruppen igen skulle samles, nævnte Claus Norréen at årsagen til bruddet i 2001 var, at der var begyndt at opstå gnidninger imellem dem. De gnidninger skulle nu være væk, og de ville være klar til at starte på en frisk:
Fra vi startede i 94 var vi enormt meget sammen, og derfor opstod der gnidninger. Heldigvis stoppede vi, før det blev rigtig slemt. Tiden læger alle sår, og nu er vi klar til en ny omgang, hvor vi bare skal have det rigtig sjovt.
Gendannelsen førte i sommeren 2008 Aqua med rundt i det danske sommerland som et af hovednavnene på Grøn Koncert 2008.
Aqua er med 28 millioner solgte plader den mest succesfulde danske musikgruppe nogensinde